Klíčem k pandemii může být přehlédnutá proměnná. Nemusí jí být číslo R.

Šíření Covid19 se může dít především či významně ohniskovými přenosy. Vysvětlovalo by některé anomálie. Vyžadovalo by i jinak pojatá protiopatření.

V americkém časopise The Atlantic včera vyšel článek »Tato přehlédnutá proměnná je klíč k pandemii. Není to R.«

Jde o pozornost si zasluhující článek. Jeho autor předkládá  jím dokumentovanou tezi, že pro Covid19 je klíčový ohniskový přenos.

Tvrdí, že přenos se neděje rovnoměrně, tj. např. stylem, že by každý infikovaný nakazil zhruba tři osoby (+/-), ale mnohem spíše tak, že jeden infekční v rámci super-šiřitelské události nakazí mnohé, zatímco mnoho [takto] nakažených už nikoho, nebo jen jednu osobu.

Takový charakter přenosu označuje za „stochastický?, zatímco první zmíněný rovnoměrnější způsob přenosu jako „deterministický?. Zatímco chřipka se dle něj šíří právě takovýmto „deterministickým? způsobem a je relativně předvídatelná, Covid19 se zdá „stochastický? a je to jeden z důvodů, proč je natolik matoucí.

Jinak řečeno, cluster je spíš pravidlo než výjimka.

Např.: „Nedávný článek zjistil, že v Hong Kongu, kde probíhá extenzivní testování a trasování kontaktů, 19 procent případů bylo odpovědno za 80% přenosů, zatímco 69% případů neinfikovalo další osobu.? (z článku).

V tomto smyslu je místo prvních ohnisek spíše věcí špatné náhody. Markantní to bylo v Jižní Koreji, kde ohnisko nepropuklo v Soulu, ale ve městě Daegu, v němž od jediného pacienta č. 31 se v tajné kongregaci postupně nakazilo 5000 osob. Teprve když prevalence dosáhne v místní společnosti určitou úroveň, začnou super-šiřitelské clustry v daném celku vznikat zcela pravidelně (statistický zákon velkých čísel) a šíření nabude početně podobně pravidelný charakter jako šíření chřipky (byť s jiným R a s jinými klinickými následky).

Rozeznání tohoto charakteru má podstatné dopady na způsoby protiopatření: 

1. Trasování by nemělo být jen „dopředné?, tj. zjišťování kontaktů infikovaného za 3-5 dnů nazpět [koho mohl nakazit], ale mělo by být „zpětné?, tj. mít především snahu zjistit, od koho se dotyčný infikovaný přesně nakazil a pak zejména projít kontakty tohoto šiřitele, a zejména tyto osoby dát do sebe-karantény, testovat je atd. Protože v tomto modelu je výrazně pravděpodobnější, že nějací infikovaní budou nalezeni v posloupnosti od tohoto šiřitele dál (aspoň jeden přenos dál již prokázán), než jen u aktuálně infekční osoby. Vzhledem k inkubační době může tedy vyžadovat trasovat zpět i déle. Byť je pravděpodobné, že u super-šiřitelské události symptomy začnou někomu poměrně brzy. Jedná se tedy spíše o změnu paradigmatu, kam soustředit max. intenzitu hledání po stromě kontaktů, než o nutnost každého infekčního trasovat až 14 dnů nazpět. Ale přeci jen může být někdy potřeba jít do historie až cca 10 dnů nazpátek, zcela výjimečně i dále. 
2. Testování přizpůsobené spíše na hledání clusterů než na spolehlivost zjištění pozitivní infekčnosti každého jednotlivého nakaženého. Dle článku lze s výhodou využít určité nové rychlotesty, které mají dobrou specificitu, tj. na negativní výsledky se lze u nich spolehnout a tím lze rychle eliminovat cluster v zájmovém místě či skupině. V místech hromadného ubytování, jako jsou koleje, ubytovny nebo domovy seniorů je snad možné testovat odpadní vody, v nichž by se případný cluster prý též měl projevit.
3. Organizační opatření směřující primárně k potření možnosti vzniku [početných] clusterů. Tj. především nikoli [i] shluky osob, v [ii] uzavřených prostorech a s [iii] těsným kontaktem, notabene pokud je uvedené spojeno s hlasitou mluvou nebo zpěvem, a to ještě bez masek.

Přehlédnutou proměnnou je pak epidemiologický parametr k, který indikuje míru nerovnoměrnosti přenosu od  jednotlivých šiřitelů. V tomto modelu dochází k „přerozptylu? (overdispersion), což jen samotné reprodukční číslo R nedokáže vyjádřit.

Dle autora uvedené paradigma vysvětluje leckteré nepochopitelnosti, které se ke Covid19 zatím váží. Vysvětluje dle něj i relativní úspěch Švédska (ve srovnávání s jím uvažovaným Spojeným královstvím nebo Spojenými státy), neboť jeho opatření by vcelku odpovídala proti-clusterovému zaměření a zákaz shromáždění nad 50 osob tam platí nonstop od března, přes celé léto.

Můj osobní názor je, že uvedené je možné. Spolu s důležitostí virové nálože by teze vysvětlovala, proč se zdá, že po vyšší míře přítomnosti choroby ve společnosti se tato začne šířit i projevovat jakoby mnohem vážnějším způsobem (od jara se mi zdál zde být jakýsi efekt kladné zpětné vazby), jak co do šíření, tak co do průběhů. Také by to vysvětlovalo příležitostné příspěvky členů skupiny Covid19.cz [Covid19.cz - Data proti Covid], že kupř. měli infikované malé dítě, ale nikdo ze členů rodiny se od něj nenakazil, ačkoli se o něj všichni starali.

Článek má charakter obecně populární a je psán přístupnou formou, obsahuje však URL odkazy v textu na vědecké studie a články, které tezi podporují.
---
Zdroj:
Zeynep Tufekci. This Overlooked Variable Is the Key to the Pandemic. It’s not R. The Atlantic, 30 Sep 2020. <https://www.theatlantic.com/health/archive/2020/09/k-overlooked-variable-driving-pandemic/616548/>; navštíveno 30. 9. 2020.
Vědecké studie a články odkazovány zevnitř tohoto článku.
---------------------------
Předběžné verze blogpostu vyvolaly některé reakce. Uvádím i své odpovědi na hlavní z nich. Pro lepší pochopení toho, proč zprávu re-publikuji a jaké je i mé stanovisko v blogpostu vyjádřené.

• Ano, i v ČR se vědělo, že ohniska (outbreaks) jsou důležitá. Super-šiřitelé nebo super-šiřitelské události ovšem nastávají normálně i v rámci běžných „deterministických? epidemií, avšak jen jako nepříjemné výjimky z pravidla rovnoměrného šíření. Tak situace z ostravského dolu Darkov a jeho okolí nebyla typická pro celou ČR apod. Dosud nikdy se však v ČR nepředpokládalo, že super-šíření je hlavní, nebo značně významný modus přenosu. A je-li tomu tak, opatření skutečně je třeba zaměřit odlišněji. Je třeba již existující data prohlédnout znovu s touto optikou pohledu a ověřit, zda hypotéza dává smysl.
• V ČR neměla a nemá odborná ani obecná veřejnost možnost na základě jen agregovaných (anonymizovaných) publikovaných dat uvedenou tezi zjistit a zřejmě ji nemůže ani ověřit. To představuje i zásadní právní problém (viz níže).
• Kdo tezi ověří? Nejsem schopen, nemám původní data. Asi jediný, kdo by toho byl v ČR zřejmě byl mocen, jsou pracoviště hygieny s jejich záznamy o trasování. Možná i ÚZIS, pokud hygienická data přebírá velmi podrobně.  Minimálně v létě 2020 pracoviště hygieny byla schopna dotrasovávat infekce k jejich zdroji. Např. v jednom týdnu bylo v JČ dotrasováno 42 ze 46 infekcí ke zdroji. Nicméně kromě již kompromitovaného zdroje „Techtle Mechtle? ostatní zdroje byly publikovány jen genericky, např. „Zaměstnání?, takže případný souběh ke stejnému zdroji (např. stejné místo zaměstnání) nebylo možné zjistit.
• Odůvodňovat opatření přijímaná státní exekutivou je z hlediska ústavního práva České republiky zcela podstatné, ať již se přijímají na jakémkoli právním základě. Občané mají ústavní právo na soudní přezkum činnosti exekutivy (čl. 36 odst. 2 Listiny základní práv a svobod), pochopitelně zejména občané, kterým opatření krátí práva. Soudní přezkum ale není dost dobře možný, pokud opatření jsou jen vyhlašována, aniž by stejně transparentně byla zveřejňována i jejich odůvodnění.